这个建筑分成底、中、上三个部分，它们都围绕这个项目不同部分的特殊需求来设计。博物馆的底层悬浮在既有的考古挖掘物之上，底下的柱网是与专家谈判协商得来的结果，小心谨慎地布置，以保护挖掘现场。底层包括入口大厅、临时展厅、一个礼堂和所有的服务设施。一个可以俯瞰考古挖掘物的玻璃坡道通向位于中层的展厅。这些展厅双层通高，以高高的柱子支撑，非常壮观。上层由方形的带有内院的帕特农神庙展厅组成，轻轻地旋转，以保证檐壁上的大理石雕刻能精确定位，跟它们多个世纪之前在帕特农神庙的一样。展厅透明外壳为雕塑提供了理想的光线，无论是看雅典卫城还是从雅典卫城看过来，均是如此。外壳使用了最现代的玻璃技术，以保护展厅远离过度的热与光。